CSS переменные это решат, но IE ничего о них не знает. Очевидно два варианта. Положить на IE болт или создать css файл темы, где будут заданы цвета по умолчанию. Далее в зависимости от выбранной темы, подключай дополнительный файл. Единственное надо будет проследить за очередностью подключения файлов, чтоб не затирались стили.