Если вам просто запускать несколько инстансов демонов от разных пользователей - то chroot здесь не нужен. Нода прекрасно работает от разных пользователей (на разных портах, само собой).
Про то, как сделать chroot я здесь -
https://debian.pro/440 - писал.
Если паранойя грызет, то вот -
https://debian.pro/1237
Вот только вы не написали, как вы её вообще запускать собираетесь.
Можно нечто такое почитать -
https://www.exratione.com/2011/07/running-a-nodejs...
Но там либо init-скрипт под каждый инстанс писать (пользователей, пути менять), либо его переписывать, чтобы он в зависимости от имени пользователя, запустившего скрипт, шел в нужный каталог.
В простейшем же виде Node.JS (одним тредом, емнип) запускается так:
npm app
или
node/nodejs чтото там.
Соответственно, если команда npm app, то запускать из консоли (до первого ребута) можно так:
disown npm app; echo $!
И потом делать kill на циферку, чтобы остановить.
Это всё актуально, если вы пользователей по ssh пускать будете.