Любым удобным для вас способом. На то она и файловая)
SQL -тут сложней т.к. идет завязка 1с+SQL от нихпясать.
а файловая: простая копия содержимого папки вот вам бекап))
а дальше вариативности создания архива и использования разных средсв автоматизации его создания
Ну и не забываем создание бекапа средствами самой 1с.