Просто для информации, хранимые проценуры не используются вообще нигде, кроме, наверное, хардкорного энтерпрайза.
Тем более непонятно, как процедуры решают проблему переделывания кода.
Если отвечтаь на вопрос буквально, то
1. Для большинства простых операций с БД запросы вообще не пишутся, пишутся обращения к ORM. Например в вместо
$stmt = $pdo->prepare("SELECT * FROM users WHERE id=?");
$stmt->execute([$id]);
$user = $stmt->fetch();
Пишется
$user = $em->getRepository(User::class)->find($id);
2. Сложные запросы с фильтрами лежат в специальных классах, которые называются репозиториями.
