Рекомендую посмотреть в сторону полноценного Windows Server 2008 R2 SP1 Standard/Enterprise, т.к. вы сможете установить консоль управления Hyper-V Manager непосредственно на сервер и управлять виртуальными машинами, подключившись к серверу виртуализации напрямую или по RDP. В случае использования Hyper-V Server R2, вам потребуется отдельная машина с Windows 7/Windows Server 2008 R2 для установки на нее консоли управления. Кроме того, если вы не планируете вводить данный сервер в домен, то придется немного помучиться с настройкой удаленного доступа.
Что касается остальных вариантов (VMware ESXi/Xen Server), то у вас могут возникнуть проблемы с поддержкой сетевого контроллера и организации RAID1 на встроенном контроллере.
Что касается вопросов производительности, то для вашей ситуации более предпочтительным может являться VMware ESXi, который за счет поддержки технологии Transparent Page Sharing позволит существенно сэкономить оперативную память, особенно при использовании однотипных виртуальных машин, вроде терминальных серверов на Win 2003. Однако, если в будущем планируете перейти на теминальные серверы Win 2008, то тут уже такой существенной разницы в экономии памяти не будет.