Есть очень неприятная проблема:
Как только 2 разных коннекшена подключены к одной БД, на одном сервере, XA транзакции между ними отваливаются, они просто не поддерживаются.Версия была 5.5 или 5.6.
Псле этой досадной проблемы перевел на PostrgeSQL проблем не обнаружено, пока. Я бы не посоветовал использовать MySQL совместно с JTA (что по сути одно и тоже с вашим случаем)
