Как написать скрипт который делает таблицу из 2х переменных?

Question

[wolverine777]

Привет, не могу понять почему не получается конечная таблица из 2х переменных

#!/bin/bash
# Вытаскиваем Name
name=`awk '{print $9}' PMZ_genes.gff3.txt | grep -oP ";\KName=[^;]+" | uniq`

# Каждому набору символов в строке должно соответствовать имя name
for pmz in `awk '{print $9}' PMZ_genes.gff3.txt | cut -c4-14 | uniq`
do
        echo "Symbols $pmz correspond to $name"
done

Каждый раз повторяется весь список name, а хотелось бы чтобы получилась таблица по типу:

Symbols PMZ0001 correspond to Name=One
Symbols PMZ0002 correspond to Name=Two
Symbols PMZ0003 correspond to Name=Three

А получается пока

Symbols PMZ0001 correspond to Name=One
Name=Two
Name=Three

Symbols PMZ0002 correspond to Name=One
Name=Two
Name=Three

Что-то напутал с циклами кажется... Помогите пожалуйста разобраться.
Спасибо

Comments

[Vitsliputsli]

В цикле вы каждый раз выводите переменную name, а хотите чтобы выводилась только ее часть. Вам необходимо определить связь между частью name и переменной цикла pmz, и по этой связи выводить часть name.

Answer 1

[q2zoff]

names=`awk '{print $9}' PMZ_genes.gff3.txt | grep -oP ";\KName=[^;]+" | uniq`

for pmz in `awk '{print $9}' PMZ_genes.gff3.txt | cut -c4-14 | uniq`
do
        read -r
        echo "Symbols $pmz correspond to $REPLY"
done <<< "$names"

Если количество имен меньше количества записей в переменной pmz, то процесс будет заблокирован, ожидая данные из stdin. Также учтите, что данные из переменных names и pmz должны быть согласованы.

Comments

[wolverine777]

Большое спасибо.

Так получается что иногда в строке

names=`awk '{print $9}' PMZ_genes.gff3.txt | grep -oP ";\KName=[^;]+" | uniq`

имени нет, т.е. попросту отсутствует Name=

Есть ли возможность сделать так чтобы в этих случаях было просто пустое место? А то действительно поначалу все правильно а потом попадаются PMZ у которых нет имени а им все равно соответствует имя из правой колонки (ну разумеется, потому что это просто набор из всех имен что есть, без какого либо соответствия)

В результате к концу большое количество PMZ не имеет имен, хотя в исходном файле они конечно же есть...

[q2zoff]

wolverine777, я правильно понял, нет значения имени? То есть "Name=", верно? Если так, то вам нужно поправить ваше регулярное выражение. Оно примет такой вид: ";\KName=[^;]*".