В нашем первом учебном проекте нас учили делать так:
css(styles)
fonts
images(img)
js
index.html
Дальше другие файлы .html
Если писать все ручками, не используя никаких библиотек, препроцессоров и фреймворков, то можно начать с этого.
Если используется препроцессор css (sass, например), то файлы стилей раскидываются по папкам, например:
styles
blocks
common
variables
mixins
и т.д.
Для верстки такой структуры будет вполне достаточно.