Вероятнее всего диск- он может быть тупо неисправен, или слишком медленный для такой нагрузки, или просто заполнен под завязку.
Так же возможны другие причины - нехватка оперативной памяти, слабый процессор, плохое охлаждение, неисправное железо, глючный софт.
Или все это в комплексе.
Без диагностики точно сказать нельзя - смотрите SMART диска, нагрузку на процессор, температуру, использование памяти. Сделайте трассировку загрузки чтобы понять что именно дольше всего выполняется.