Скрипт:
#!/bin/sh
tar -cvzf /mnt/backup_device/dir/backup-$(date +"%d.%m.%y").tar.gz /var/www/dir/files
/mnt/backup_device/dir/ - заменить на папку для бекапов
/var/www/dir/files - папка, которую бекапим
Потом его в крон. Например, каждый день в 5 утра:
0 5 * * * sh /home/backupdata.sh