Спасибо, коллеги. Из ваших ответов понял что универсального правильного решения нет и тут уж кто во что горазд.
Я бы не стал делать фаилообменник и фаилопомойку на виртуальных дисках, т.к. это лишняя абстракция и потеря в производительности.
Вот про это кстати противоречивые мнения. На реддите читал, что наоборот, лучше пихать всё в контейнер.
Но я пожалуй тоже прокину диски в ВМ лучше. Не вызывает почему-то у меня доверия многотеррабайтный файл.