1) В $arEventField не нужно указывать ключ FILE, он сам будет задан из 6 параметра метода CEvent::Send
2) \CFile::MakeFileArray вовсе не нужно делать. На последнем битриксе это делают за вас.
Т.е. в вашем случае код должен выглядеть как-то так:
$fileName = $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/temp/".$MGR_ID.'_'.date("dmYHi").'.xlsx';
$files = [
$fileName
];
$arEventField = [
"EMAIL_TO" => $USER->GetEmail(),
"USER_NAME" => $USER->GetFullName(),
];
if ( \CEvent::Send("MGR_INFORMER", "s1", $arEventField, "Y", '', $files ) )
{
@unlink($fileName);
}
Если после проделанного файлов все же прикрепляется 2, то необходимо:
1) Проверить шаблон MGR_INFORMER возможно в самом шаблоне прописана вставка файла. Если файл вставлен в тело письма, то он может быть продублирован 2 раза.
2) Проверить события OnBeforeEventAdd модуля main. Возможно там есть дублирование файла.
3) Проверить функцию custom_mail (если таковая существует). Возможно дополнительно работа с файлами находится там.