Артем Гвоздев, Недельки три назад это делалось. Канонические ссылки только что прописал..
Когда Яндекс все это проанализирует, лишние версии сайта должны пропасть из вебмастера или нет?
organica, может и нет. В Вебмастере есть инструмент переезда, воспользуйтесь им. Там де где-то есть инструкция. Все это пройдёт не быстро, около 2х месяцев
Константин Б., В Первой версии сайта я нажал переезд (добавить https), сейчас его нет. Во второй версии ( https/www) его тоже нет. В последней версии https/site.com переезд тоже есть