Не важно, что у вас там в видео.
Вручную с помощью удобного вам плеера (с замедлением просмотра) анализируете время начала обрезки с точностью до сотых секунд, и вычисляете время продолжительности выходного видео.
Используете эти параметры в команде обрезки видео.