Первый вариант - зачем вам лишний слой виртуализации и потеря производительности для файлового сервера?
вопрос - где включать дедупликацию - на хосте для диска 2? Или в виртуальной машине?
Дедупликация это фишка файловой системы. Ее нельзя включить для физического диска, ее включают для файловой системы.
Вот где у вас файловая система будет там и включайте.
А поскольку файловый сервер у вас в любом случае будет в виртуальной машине -то именно там и включайте.