Хотелось бы понять что люди называют большим проектом в веб-разработке
Большими называют проекты над которыми задействовано большое количество людей. Только и всего.
для мелких проектов нужны одни инструменты, а для крупных - другие
Над мелким проектом работает один, два человека. Это хоть в блокноте можно делать.
А над крупным работает сотня, а то и больше человек. Нужно управлять этими людьми, оргранизовывать коммуникацию между ними, потому что они могут быть в разных городах, офисах. Кто-то увольняется, кто-то приходит. Совсем другой пласт работ. Нужен четкий регламент, куча условностей.
чем определяющая разница между сайтом и веб-приложением
Сайт - текстовая, графическая или видеоинформация доступная в сети интернет, по протоколам HTTP/HTTPS.
Веб приложение - приложение (программа) доступная в сети интернет по протоколам HTTP/HTTPS.