Это нормальное поведение, разделы и элементы - разные сущности, и у них разные флаги активности.
Если нужно, чтобы при деактивации раздела ИБ автоматически деактивировались все привязанные к нему элементы - надо написать обработчик события OnAfterIBlockSectionUpdate и там запросом \CIBlockElement::GetList получить все элементы и сделать Update каждого.