Пустые function и index - говорит о том, что не используются ни какие хуки и запросы к бд и при этом php потребляет 120 мб памяти. Они намеренно пустые, чтобы исключить проблемы в них.
В любом браузере, лучше в Хроме щёллкнуть на странице правой кнопкой - "посмотреть код элемента". Там найти вкладку Network и посмотреть что конкретно долго грузится. Дальше - проще.
fantazerno, еще раз повторю, что нужно проверить на другой теме.
Вы пишите, что чистили базу. Т.е. Вы ее удаляли, а WP ее создавал по новой?
Попробуйте создать новый php файл в корне с phpinfo(), посмотрите сколько он покажет потребление и создание.