cimonlebedev, Причем тут BAT и т.п., вы запускаете джавовскую софтину под линухом и считаете что тут виноват скрипт, хотя я в выводе вижу кучу ошибок неудовлетворённой джавы.
Поэтому и спрашиваю как реагирует софт на запуск без каких либо скриптов а на прямую в консоль вставьте команду
Если -то-же самое то удовлетворяйте джаву, в вашем случае приведённый скрипт это не более чем построчный ввод команд в консоль и никак не влияет на ваш софт.