Первое: это будет это тиражным решением либо под одного пользователя? Не совсем понятно каким образом вы его хотите использовать(в интерфейсе битрикса, либо отдельным приложением в битриксе)
В общем приложение битрикс24 это просто открытие iframe по ссылке. Т.е. вы на своём хостинге размещаете скрипт/страницу с приложением и битрикс по ссылке его подтягивает, как-будто вы эту страницу в браузере открыли. Примеры приложений есть в документации, берите, пробуйте, разбирайтесь)
1. Оно добавляется через CRM - настройки - свойства товаров. Либо через api
https://dev.1c-bitrix.ru/rest_help/crm/cdeals/crm_...
2. С jquery работаете как обычно, ничего особенного. Но получить dom-элементы битрикса через jquery не получится, если нет коробки.
3. Не совсем понятно что вы хотите