1) Для внесения изменений в уже готовые темы есть
дочерние темы
2) Для натяжки своего дизайна на Вордпресс лучше подойдут
стартовые темы
3) Не знаю чем вызвана ваша плагинофобия. В коммерческой разработке не является предосудительным использовать готовые решения.
3.1 Например, тот же Элементор позволяет создавать собственный дизайн независимо от текущей темы
3.2 Вот интересное решение, которое поможет "сэкономить" на программировании
https://toolset.com/
3.3 Сам работаю на связке Advanced Custom Fields Pro + Стартовая тема на Bootstrap
4) На что стоит обратить внимание и изучить:
А) Иерархия шаблонов вордпресс. Правильно названный файл -- и вам ненужно писать десяток строчек кода.
https://wp-kama.ru/id_7654/ierarhiya-fajlov-temy-s...
Б) Базовые функции WordPress, которые используются в шаблонах
https://wp-kama.ru/handbook/cheatsheet
В) Фреймворк для фронт-энда, например тот же Бутстрап
Г) Плагины для кастомизации бэкенда, для удобного управления сайтом/контентом. ACF, Carbon Fields, Types, тысячи их.
5) Бонусом, полезный сайт:
https://generatewp.com/