Не хватает исходных данных, хотя бы .spec файла, возможно, что дело в нем.
Внимательней прочитайте документацию по PyInstaller, там достаточно доступно расписано, как получить из исходников на Python вполне себе standalone приложение.
Особое внимание стоит обратить на раздел When Things Go Wrong (т.к. большинство проблем там уже описаны):
https://pyinstaller.readthedocs.io/en/stable/when-...
Более того, на сегодняшний день, емнип, PyInstaller - единственный инструмент для "кроссплатформерной" сборки приложений на Python (в кавычках, потому что собирать нужно на целевой платформе, фокусы под Wine не считаются).
В помощь различные рецепты по написанию .spec файлов для разного рода приложений:
https://github.com/pyinstaller/pyinstaller/wiki/Recipes