// при условии что новый файл будет рядом с Вашим functions.php
// или с тем к которому подключаете
// НазваниеВашегоФайла - заменить на реальное название
require_once( dirname(__FILE__) . '/НазваниеВашегоФайла.php');
Скажется ли это на производительности. Или на некоторых хуках и функциях.Нет.