Конечно вероятность того, что фрилансер оставит в коде "закладку" есть, но вероятность этого очень низкая, т.к. единственное что в итоге он получит - это потерю репутации, а у вас в любом случае будет "чистая" резервная копия.
Можно пойти более сложным путем, с использованием систем контроля версий, - тогда вы точно убережете себя от "закладок", но тогда вам придётся привлекать ещё одного разработчика, чтобы он оценил работу фрилансера.