Пользователь из-под которого запускается задание настраивается в планировщике в настройках задания.
Обратите внимание на то, что при запуске из планировщика, обычно, текущим каталогом является c:\windows\system32, а не каталог со скриптом. Часто ошибки при запуске из планировщика связаны именно с тем, что скрипт рассчитывает на то что текущий каталог - это каталог где лежит сам скрипт.