Можно ли сделать программный рейд, чтоб на втором винте было зеркало первого винта, а оставщийся раздел использовать как хранилище ?
Можно.
Чтоб при выходе из строя ssd, можно было экстренно запуститься со второго винта.
Если вам нужна возможность быстро запуститься при выходе из строя SSD, вам нужен бэкап системы. Рэйд ставят если нужно чтобы не выключать систему при выходе из строя диска.
Не совсем понятно зачем вам SSD, если вы его собрались ставить в зеркало к HDD, не проще ли взять два HDD.
Насколько помню, при создании рейда инфа на обоих уничтожается.
Не обязательно, зависит от типа рэйда и способа создания.