Выбор сильно зависит от того что вы собираетесь делать с этими данными. Если вам нужно (и, главное, будет нужно и в дальнейшем) только читать / писать строго определённые одиночные записи - то можно использовать и файловую систему, хотя хранить все файлы в одной папке - очень плохая идея, нужен sharding чтобы оптимизировать работу (вспоминаем как работает поиск по файлам в каталоге). Кроме того нужно помнить что открытие файла - довольно дорогая операция.
Если же вам сейчас или в дальшейшем потребуются операции затрагивающие множество элементов, поиск в них или, к примеру, агрегация - то ответ однозначный - база данных.
Конечно есть много нюансов которые могут склонить чашу в ту или иную сторону и про которые вы не упомянули. К примеру если у вас файлы размерами в гигабайты и вам нужно выбирать оттуда какие-то мелкие части - то лучше использовать файлы, а не базу данных. Если у вас предполагается доступ к данным с нескольких компьютеров - то однозначно база данных.
В целом ваш запрос сводится к "использовать ли мне программу, специально предназначенную для нужной мне функции или написать свой велосипед". Уверен что в подобной формулировке вам легче будет самому ответить на свой вопрос.
