Ещё одна опция: перейти с комбинации putty+mc на
putty4far2l+
far2l, и получить нормально работающий буфер обмена в терминале :)
Там даже два режима будет: локальный, когда на сервере отдельный буфер обмена, а на клиенте отдельный, и синхронизированный, когда один и тот же буфер и там и там доступен. При первом доступе к буферу обмена выбрать режим нужно будет.