И пролезет ли шифратор по сети если к примеру вместо линя поставить Windows 7, и так же по FTP передавать туда бэкапы?
Не должен, обычно один зловред под одну платформу заточен, но не факт.
Разрешение на запись в папку с бэкапами должно быть только у одного пользователя - того под которым делаются бэкапы. Под этим пользователем ничего не делать кроме бэкапов. Все остальные пользователи, в том числе и администраторы не должны иметь прав на запись в папку с бэкапами.
На самом сервере где хранятся бэкапы желательно перемещать бэкапы из публичной папки, доступной по сети, в другую, на длительное хранение.