Вы сравниваете как одно, два типа комментариев, хотя они используются в зависимости от ситуации, аудитории сайта, зависимость сайта от комментариев и от тематике обсуждения.
В ВК пришли в древовидной системе комментариев, потому что в больших сообществах, порой вся лента комментариев могла быть посвящена спором двух - трех человек, а тема поста уже теряла свой смысл. Иногда лента состояла из тысячи комментариев, и всех их прочитать было невозможно, поэтому система себя оправдывает, точно также как на Pikabu и Хабре.
Что касается линейных комментариев, их бы я отнес к малопосещаемым сайтам или сайтам, на которых комментарии не играют основной роли. Это больше относится к каким-нибудь отзывам, вопросам-ответам, инструкциям, статьям, в которых главное содержание статьи, а не ее критика в комментариях - во всех этих случаях, под одним постом будет максимум 10 комментариев, тогда можно и применить дизайнерские навыки, и сделать красивую - линейную ленту.
Итак, плюсы и минусы:
Линейный вид
+ Не не громоздко, можно применить минималистичный дизайн
+ Возможность увидеть сразу все комментарии
+ Удобно читать, когда комментариев мало
- Вся лента может быть забита спором двух - трех человек
- При большим количестве комментариев, вся лента может быть забита одной теме.
- Во всей ленте, сложно ответить конкретному человеку, потому что комментарии поступают очень быстро.
- В основном читают первые 5 - 10 комментариев.
- Сложно модерировать, приходиться читать всю ленту.
Древовидная система
+ Вся информация структурирована
+ Можно обсуждать несколько тем, под каждой веткой.
+ Можно игнорировать ветки, которые тебе не интересны
+ Есть шанс, что твой комментарий увидят)))
- Сложно придумать универсальное решение для дизайна.
- Для малопосещаемых сайтов, возможен сценарий только одной ветки, в которой будет еще несколько веток, не очень логично будет смотреться.
Ну и в принципе, минусов больше и нет.
Для вдохновения:
https://www.behance.net/gallery/67790255/Mayak-Dig...
https://www.behance.net/gallery/18107439/Facebook-...
https://www.behance.net/gallery/29582047/Social-El...
https://www.behance.net/gallery/70595543/YBC-Mobil...
https://www.behance.net/gallery/72907227/Social-Me...
https://www.behance.net/gallery/74783973/Facebook-...
https://www.behance.net/gallery/67072175/Ataman-We...