Вы же сами написали:
ситуация еще осложняется тем, что параллельно администратор занимается мониторингом серверов. У меня мониторинг серверов и разработка с адаптацией и модификацией ПО ЭВМ и БД проходят одной услугой.
Если указано в договоре, что услуга по мониторингу, то ПСН не применяется.
Можете в договоре разделить услуги и облагать мониторинг по своей системе налогообложения (УСН или ОСНО), а для разработки программ применять патент.