в крон добавь
0 0 1 1 * команда-запуска-форматирования-жесткого-диска >/dev/null 2>&1
формат:
минута час день месяц день-недели <команда>
или в C# создай таймер и проверяй текущую дату каждую секунду, типа того
using System;
using System.Timers;
public class Demo {
private static Timer timer;
public static void Main() {
timer = new System.Timers.Timer();
timer.Interval = 1000;
timer.Elapsed += OnTimedEvent;
timer.AutoReset = true;
timer.Enabled = true;
Console.WriteLine("Press the Enter key to exit anytime... ");
Console.ReadLine();
}
private static void OnTimedEvent(Object source, System.Timers.ElapsedEventArgs e) {
Console.WriteLine("Raised: {0}", e.SignalTime);
}
}