Unsupervised learning - это целый класс методов, а Keras - фреймворк для создания нейронных сетей, которые по своей природе относятся к supervised-модели. Отсюда вопрос, что именно вы хотите сделать?
Арсений Кравченко, тоже верно, хотя возможна и другая интерпретация: в случае автоенкодера мы сами подаём сети данные на вход и штрафуем её за отличие выхода от этого входа - что это как не частный случай обучения с учителем? :)
Это, однако, совсем не помогает понять чего именно хотел сделать автор)
.fit всего лишь запускает training loop, это не равносильно обучению с учителем. Хотя, справедливости ради, едва ли это лучший фреймворк для сложных алгоритмов unsupervised learning, т.к. API построено скорее больше под задачи обучения с учителем.