Нормальным образом на постоянной основе через ionice не задать. Нужно писать скрипт который будет мониторить при запуске нового процесса и выставлять ему ionice. Но ProxMox есть возможность ограничить потребление IOPs и полосы пропуская со стороны диска виртуалки см. раздел bandwidth свойств диска в GUI. Но фундаментально процессы самого ProxMox выполняются с повышенным приоритетом и всякие разные служебные задания с нагруженных машин всё равно могут иметь неприятные последствия для соседей хотя частично эти проблемы закрыли в 8 ProxMox