Есть такой известный инструментально-восстановительный пакет утилит 2k10, входящий в состав многих популярных LiveDVD/LiveUSB. Его раздел "Восстановление загрузки" содержит десяток программ, вот их список:
Active@ DiskEditor
BcdTool
BellaVista
BootBuilder
BootICE 2011
BootICE 2012
BootSectGui
FixBoot
MultiBoot
uMBRGUI
В меню выбора к каждой утилите прикреплена короткая (на 2...3 строки) аннотация, чтобы не блуждать.
Пару раз у меня случалось нечто подобное вашей проблеме, и в первом случае повезло на первом же шаге выбора из этого списка (выбрал утилиту BootICE 2012), а во второй раз - на третьем (уж не помню, что выбрал). Так что применяйте по очереди, и да сопутствует вам удача.
Только учтите - эти утилиты для MBR-разметки.