Смотря что нужно от этой визуализации. Я бы сделал визуализацию на web с использованием leafletjs. Данные можно поставлять питоном, например через flask. Сами полигоны областей можно взять на openstreetmap.
А вот ролигоны, если нужно масштабирование, хранилбы в opengis (postgres) или какй нибудь базе на основе rtree+ алгоритма поиска-хранения.
