CIblockElement получает элемент, но не раздел и элемент не может быть вложен в элемент - только в раздел (причем не в один).
CIBlockElement::GetByID($id)
Если Вас интересуют все корневые элементы (т.е. элементы у которых нет раздела для привязки), то нужно воспользоваться CIblockElement::getList() и получить все товары у кого SECTION_ID = false, "" или 0. Почитайте в документации на эту тему:
https://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/classes/c...
Если так получается, что в инфоблоке у Вас есть 1 корневой раздел и Вам нужно получить его элементы, то для начала Вам нужно получить его ID через CIblockSection::getList() и уже потом в SECTION_ID через CIblockelement::getList достать все его элементы (INCLUDE_SUBSECTIONS = N!). Почитайте в документации на эту тему:
https://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/classes/c...