Задача слохпнуть все в 5 коммитов по основным блокам. Как это сделать?
В общем случае, не потеряв работоспособность между коммитами (если она была) -- никак.
Если это не важно, то можно сделать
git reset
на начало ветки, а потом руками добавить нужные изменения и закоммитить.