Нашел решение проблемы: dmitro.pro/fixes/1%D1%81-%D0%B1%D0%B8%D1%82%D1%80%...

В итоге фикс в my.cnf:

innodb_flush_log_at_trx_commit = 2
innodb_flush_method = O_DIRECT


А для повышения показателей процессора, поставил OPCache вместо APC:

А смысл в начинающем дизайнере? Что он Вам даст? Чем Вы хуже "начинающего" дизайнера? Лучше берите готовые шаблоны, они сделаны ОЧЕНЬ качественно. Когда будут деньги и опыт, будете нанимать нормальных дизайнеров (меньше 1к$ за макет главная+внутряк = 100% плохой дизайнер)

Fixid

RAID10 оптимален
кажется нашелся виновник, jbd2 - это процесс журналирования. Если там ext3-4, то необходимо поменять настройки монтирования дисков и половину нагрузки снимется
mount -o remount,noatime,commit=60 /var/www