Так себе совет, но я обычно так делаю, когда обновление начинает странно работать.
Остановить службы "Центр обновления WIndows" и "Фоновая интеллектуальная передача данных (BITS)"
Снести содержимое каталога "c:\Windows\SoftwareDistribution\"
Запустить службы "Центр обновления WIndows" и "Фоновая интеллектуальная передача данных (BITS)"
Если обновление не через WSUS, на котором тоже могут быть свои глюки, то обычно помогает.