Правильно ли разрабатывать ее по принципу "админка без потребности заходить в phpmyadmin?
100%, пользователь админки не должен знать ничего про phpmyadmin и не должен иметь туда доступа вовсе.
То есть выводить в ней все имеющийся таблицы?
Есть таблицы которые реализуют только связи между таблицами, зачем их выводить? Манипуляция с зависимостями может быть в виде методов каких-то, но сами таблицы - это странно. Вообще то что Вы выводите пользователю зачастую имеет принципиально другую иерархию, нежели то что в базе. Таблица с товарами в админке, как пример, в базе может быть представлена не одним десятом таблиц.