Я так понял, что это возможно только в LSTM и подобных структурах.
Создаёшь трехмерный массив data(x, y, z) где -
x - количество обучающих выборок
y - количество векторов в одной обучающей выборке
z - количество данных в одном векторе.
Потом создаёшь слой LSTM
model.add(LSTM(units=32, input_shape=(y, z)))
x указывать не нужно сеть сама поймёт что к чему.
units - это количество выходов на следующий слой (32 как пример).
Если моё представление ошибочно, то думаю меня поправят, но вроде работает.