Если при первом нажатии значок приложения в трее оно появляется на панели задач, но окно не становится активным (как будто оно свёрнуто) - то это может быть работа функции предотвращения перехвата окон.
В разных окружениях рабочего стола она ведёт себя по-разному и может настраиваться (или нет).
Если речь, скажем про Plasma Shell (KDE) и оконный менеджер KWin, то можно настроить особые параметры окна (правая клавиша на заголовке открытого окна, ищите в подменю). А там выставить в одной из вкладок пункт про пропуск предотвращения перехвата, указать конкретно этому окну его принудительно пропускать.
Если речь про Cinnamon, то в панели управления в настройках окон можно попросить его быть менее параноидальным, снизив уровень предотвращение перехвата окон. Или отключить перехват окон совсем. Для отдельных окон там такой настройки нет.
Сложный
