Алекс Сокол, емнип, да. Но это не беда, а стандарт де-факто: веб-страницы сейчас все кодируются в UTF-8. А всякие упоротые редакторы от MS любят пихать свой windows-125* в новосозданные файлы. Но не отчаивайтесь, многие редакторы позволяют пересохранить файл в нужной кодировке.
Кроме того, чтобы избежать возможных проблем, стоит проследить, чтобы помимо кодировки файлов, использовался символ переноса - LF ("\n"), а не CRLF ("\r\n"). Хотя, можно настроить Git, чтобы он автоматически конвертировал при коммите.