при безумных количествах могут возникать некоторые неудобства в работе, некоторые из которых повергают неопытных пользователей в панику (:
например, df -h показывает что места еще 20 гигов, а файло не создается, рапортуя, что закончилось место (бывает только, если иноды закончились) или не работают rm * и многие маски (шелл ругается на большое количество аргументов).
а так, чтобы это на производительности сказывал, что-то не наблюдал.