Патенты могут быть только на определенный вид деятельности.
Да, разработка ПО входит.
Учет вести как бы и не нужно - на то и патент, что там все просто.
Но вот, если налоговая спросит откуда доходы - нужно будет доказать, что деньги поступают именно за разработку ПО.