В качестве периода в запросе к виртуальной таблице среза последних передавайте границу с видом "Исключая", а в качестве первого параметра передавайте момент времени, полученный из вашей ссылки.
В общем что-то типа:
ДокументСсылка = Документы.УстановкаЦенНоменклатуры.НайтиПоНомеру("");
Запрос = Новый Запрос;
Запрос.УстановитьПараметр("Граница", Новый Граница(ДокументСсылка.МоментВремени(), ВидГраницы.Исключая));
Запрос.Текст =
"ВЫБРАТЬ
| ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Номенклатура КАК Номенклатура,
| ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.ТипЦен КАК ТипЦен,
| ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Цена КАК Цена
|ИЗ
| РегистрСведений.ЦеныНоменклатуры.СрезПоследних(&Граница, ) КАК ЦеныНоменклатурыСрезПоследних";