Судя по всем вводным данным из описания вопроса, а также из комментариев (время проводимое пользоватлями на сайте сильно увеличилось после падения трафика, траф исчез именно с брендовых запросов и пр.), становится очевидно что имела место накрутка поведенческих факторов с помощью сервисов типа movebo, serpclick, userator.
Данные накрутки могут с высокой вероятностью привести к ПФ фильтру от Яндекса, что на 6-12 месяцев загонит сайт за 5 страницу выдачи.
Также, судя по большому количеству отпавших ссылок ваш оптимизатор использовал арендованные ссылки, которые также могут привести к фильтру со стороны поисковых систем.