Потом перезапустил nginx и получил ошибку "500" на одном из хостов, мне сказали что дело в правах на файлы.
Жесть. А зачем лезть туда, в чем вот настолько прям не разбираешься?
Систему можно просто переставить, чтобы не мучаться. Ошибка 500 лечится художественным чтением лога (вы нашли его вообще???) и последующим релаксационным гуглением. Крайне желательно найти человека, который отдает отчет в своих действиях, и чуть-чуть хотя бы понимает, как работает сервер.
Когда появится время, почитайте Ubuntu Server Guide какой-нибудь, что-ли.
P.S. Реально ничего сложного нет, но разобраться надо.