Второй. Похоже что основа приложения на юнити - это запускающий наши скрипты экзешник, и библиотеки, к которым наши скрипты обращаются. К слову, скрипты наши вовсе не скрипты, а довольно уже скомпилированный и упакованный код. А управляет юнити всеми этими "скриптами" с помощью
Mono, который тоже входит в билд.
Вот например скрин из типичного билда на винде:

На пикче виден фирменный запускатор от юнити, библиотека для его работы в данной системе (для браузеров, например, Unity Player ставится как расширение), и game_Data - директория, которая включает прочие необходимые библиотеки (для физики и UI), ассеты, включая наши скрипты, а также библиотеки Mono.